1912年1月3日到10日，新建立的民国各省代表会议与临时参议院先后通过以五色旗为中华民国国旗。

五色旗本是江苏、浙江、安徽等省的革命人士使用的旗帜，1906年同盟会本部讨论国旗方案时即被提出，当时五色象征五行，红为火、黄为土、蓝为木、白为金、黑为水，民国成立后五色被赋予五族共和之意。

江苏都督程德全及国民党代理理事长宋教仁等支持五色旗者认为，五色旗象征汉、满、蒙、回、藏五族共和，能够表明革命是为了政治改造而非汉人种族革命，能够缓和各民族的心理。

另外，外国人视五色旗为彩虹旗，彩虹在雨过天晴出现，所以五色旗象征扫除过去封建、专制政治制度之阴霾，实现政治清明。

时任临时大总统的孙中山却认为以五色旗为国旗不恰当，因此并未颁布实行。但那时候报纸媒体已披露决议结果，国人已将五色旗作为国旗。1912年2月，孙中山将临时大总统让位给袁世凯。5月10日参议院再次讨论国旗方案，结果维持先前之决议，继续使用五色旗为国旗。

1921年孙中山就任非常大总统，明令废止五色旗，以青天白日满地红旗为国旗。

孙中山反对五色旗，理由有三：

其一，五色旗乃前清官旗，今罢其国旗而用其官旗似是失体；

其二，五色代表五大民族之分配代色取义不确；

其三，既言五族平等，却将五色上下排列，仍有阶级。

1925年，国民政府于广州成立，定青天白日满地红旗为中华民国国旗。在北伐战争之中，所到之处皆竖青天白日满地红旗。1928年北伐完成，五色旗走入了历史中，青天白日满地红旗成为全国统一使用国旗！